Al terminar la guerra contra la dictadura de Batista, y triunfar la Revolución (en enero de 1959), existían en Cuba algunas instituciones que podían realizar investigaciones científicas básicas o aplicadas. Entre ellas cabe citar el Observatorio Nacional, que poseía (y posee) un conjunto de edificios en la zona de Casablanca, junto al puerto habanero, y un pequeño número de estaciones de observación meteorológica en diferentes partes del país (tenía también estaciones en Caimán Grande y en Nicaragua). Los estudios del mar se hallaban centrados en la Oficina Hidrográfica. El Centro Nacional de Investigaciones Pesqueras, de efímera existencia, había sido disuelto en 1955. Aún existía el Instituto Nacional de Higiene (creado en 1943), aunque este se dedicaba —sobre todo— al control de la calidad de los alimentos y medicamentos. Muy contados laboratorios de las tres universidades oficiales (las de La Habana, Las Villas y Oriente) realizaban investigaciones. En el Ministerio de Agricultura existía una entidad denominada, desde 1950, Comisión Técnica de Geología y Minería. Las escasas investigaciones tecnológicas estaban centradas en un Instituto Cubano de Investigaciones Tecnológicas (ICIT), creado en 1955 como consecuencia de la Misión Truslow (antes mencionada) y las investigaciones médicas se realizaban, en pequeña escala y con muchas dificultades, en el Laboratorio de Medicina Tropical mencionado también con anterioridad. La Estación Experimental Agronómica de Santiago de Las Vegas —a pesar de la permanente limitación de recursos de que padecía— mostraba, sin embargo (como se indicó anteriormente), una importante relación de resultados.

Entre 1959 y 1961, las instituciones de investigación existentes recibieron el apoyo del Gobierno Revolucionario, pero no se creó virtualmente ninguna nueva. El 15 de enero de 1960, sin embargo, ya Fidel Castro aseguraba a un grupo de especialistas cubanos que la ciencia ocuparía un lugar importante dentro de los planes de transformación del país. Ante los miembros de la Sociedad Espeleológica de Cuba, reunidos en la sede de la Academia de Ciencias Médicas, Físicas y Naturales de La Habana, expresó:  “El futuro de nuestra Patria tiene que ser necesariamente un futuro de hombres de ciencia, de hombres de pensamiento, porque precisamente es lo que más estamos sembrando; lo que más estamos sembrando son oportunidades a la inteligencia, ya que una parte considerable de nuestro pueblo no tenía acceso a la cultura, ni a la ciencia, una parte mayoritaria de nuestro pueblo.”

Los cambios más importantes comenzaron a realizarse en el área de la investigación agrícola y fueron promovidos por el Instituto Nacional de Reforma Agraria (INRA), establecido en mayo de 1959. La Estación Experimental Agronómica de Santiago de las Vegas (actual Instituto de Investigaciones Fundamentales en Agricultura Tropical) se convirtió entre 1959 y 1961 —año en que oficialmente pasó a formar parte  del INRA— en el centro nacional para las investigaciones agrícolas (no cañeras y no tabacaleras). El nuevo plan de investigaciones de la Estación, aprobado en 1960, fue apoyado con una asignación casi veinte veces superior a lo que se concedía a la institución en los presupuestos anteriores.

Se requería de un enorme esfuerzo para proveer al país de los miles de científicos e ingenieros que los ambiciosos planes de desarrollo económico demandaban. La educación no podía permanecer al margen de los grandes cambios que se producían en el país. El analfabetismo era uno de los males contra los cuales se enfilaron los primeros planes. La Campaña de Alfabetización (1960-1961) redujo la proporción de analfabetos dentro de la población mayor de 10 años de 24% a  poco menos de 4 %. El programa de alfabetización fue seguido (y en algunos casos precedido) por una notable ampliación de las capacidades de la educación primaria y secundaria, que permitirían la continuación de los estudios de jóvenes y adultos alfabetizados.

Pero también era necesario introducir grandes cambios en la educación superior, en buena medida lastrada por décadas de inercia docente y escasos presupuestos. Los estudiantes de ciencias (físico-matemáticas, físico-químicas y naturales) constituían sólo 1,7% del alumnado, los de tecnología 5,8% y los relacionados con la agricultura y la industria azucarera eran sólo 1,8% del total. Los planes de estudio de estas carreras eran, por lo general, anticuados, y la enseñanza práctica-experimental era casi inexistente. En 1960, en algunas escuelas universitarias (sobre todo la de ingeniería), se dieron los primeros pasos hacia una reforma radical de los planes de estudio para que contribuyeran a la mejor preparación de los estudiantes y al desarrollo sostenido de la investigación científica en las universidades. Como consecuencia de este movimiento, se dictó el 10 de enero de 1962 la Ley de Reforma Universitaria.

En 1961, los encargados de la política educacional del país habían llegado a la conclusión de que las tres universidades nacionales no tenían suficientes profesores e instalaciones para preparar la cantidad y diversidad de científicos e ingenieros que los planes de desarrollo requerían. Se procedió, pues, a promover la concesión de becas en otros países para la realización de estudios técnicos y superiores. Varios miles de estudiantes cubanos estudiaron en centros universitarios de los países socialistas. También se obtuvieron, aunque en una proporción mucho menor, becas en países de Europa occidental.

Desde 1962 comenzó el proceso de creación de nuevas instituciones de investigación. Entre ese año y 1973 se organizaron 53 entidades de I+D (Investigación y Desarrollo) en el país, parte importante del conjunto de institutos de investigación en las ciencias exactas y naturales, médicas, tecnológicas, agrícolas y sociales que todavía existen en Cuba. Posteriormente, estas instituciones incrementaron de manera notable su personal, gracias a las primeras graduaciones de técnicos universitarios y de nivel medio ocurridas en la Revolución. También asumieron proyectos de relativa complejidad que, en lo fundamental, concluyeron en los años setenta.

Casi todas las sociedades científicas (incluida la Academia de Ciencias Médicas, Físicas y Naturales de La Habana) resultaron muy afectadas por la emigración de profesionales que ocurrió entre 1959 y 1962, y se concibió el proyecto de sustituirlas por institutos de investigación y agruparlas con ciertas entidades “aisladas” (como el Observatorio Nacional, por ejemplo) en una sola institución. A este proyecto respondió la fundación de la Comisión Nacional de la Academia de Ciencias de Cuba, el 20 de febrero de 1962, integrada por un grupo de científicos y otros intelectuales, y presidida por el geógrafo y capitán del Ejército Rebelde Antonio Núñez Jiménez (1923-1998), profesor de la Universidad Central (en Santa Clara) antes de la Revolución, quien había sido hasta hacía poco director ejecutivo del INRA.

La Comisión Nacional quedó facultada para llevar a cabo “la reorganización, incorporación y disolución de cuantas sociedades, academias y corporaciones estimare conveniente a los efectos de esta ley” (la ley 1011 de 20 de febrero de 1962) y para proponer al gobierno la incorporación a esta de entidades científicas adscritas a ministerios o universidades. También tenía la atribución de “planificar las investigaciones científicas de acuerdo con la Junta Central de Planificación”, lo cual se supone se refería a todas las investigaciones científicas del país, aunque la Comisión Nacional nunca ejerció dicha atribución. La Comisión Nacional no era considerada aún por la ley una Academia de Ciencias, pero vino a ser conocida como tal. De hecho, la entidad funcionó como un organismo de la administración central del Estado. La nueva Academia se declaró heredera de la antigua Academia de Ciencias Médicas, Físicas y Naturales de La Habana.

En una visita a la Academia (que había quedado instalada en el Capitolio Nacional), el 24 de abril de 1964, el comandante Ernesto “Che” Guevara consideró que la institución debía trabajar con una visión a largo plazo del desarrollo de la ciencia internacional, que le permitiera ser “la autoridad consultiva y la autoridad orientadora” más que la autoridad rectora” de la ciencia en Cuba. Por otro lado, los contactos con las academias de ciencias de los países socialistas conducían a una concepción de las investigaciones en la academia similar a la sostenida por estas entidades; aunque, en definitiva, no se centró totalmente en temas “fundamentales”, sino más bien en algo que se clasifica como “fundamental orientado”: el estudio de los recursos naturales del país.

Aunque las investigaciones sobre recursos naturales fueron la tarea central de la Academia, también se tuvieron en cuenta “necesidades técnicas” de la sociedad cubana, no contempladas por otros organismos, en ramas como: la energética (nuclear, solar, del gradiente térmico del mar, geotérmica y de las mareas); la desalinización del agua de mar; el cultivo de plantas y peces marinos, la investigación básica de las pesquerías, de las algas marinas, del plancton; el cultivo de algas y otros organismos de agua dulce; la introducción del radar y otros medios en la observación meteorológica; estudios del magnetismo terrestre y la ionosfera, así como de la propagación de ondas de radio; investigaciones sismológicas; la automatización industrial.

Para apoyar, en lo que a la información científica se refiere, todo este trabajo de investigación y desarrollo, se creo por ley, en 1963, el Instituto de Documentación e Información Científico-Técnica (IDICT), como centro gestor y rector del Sistema Nacional de Información Científica y Técnica. Este instituto creó las normas y obras de referencia imprescindibles para esta actividad, publicó una revista de resúmenes de publicaciones cubanas, un boletín de traducciones y varias series divulgativas. Ya en los años ochenta se creó una red de “centros multisectoriales” de información científico-técnica en todas las provincias del país.

En lo que al estudio de los recursos naturales se refiere, se creó un conjunto de institutos y se formuló un ambicioso proyecto —coordinado por el Instituto de Geografía de la academia cubana—, que culminó en 1970, con la publicación (en colaboración con el Instituto de Geografía y otras instituciones de la URSS) del primer Atlas Nacional de Cuba, que se editó en gran formato, con 147 mapas, algunos de los cuales fueron verdaderas primicias por su temática. En 1978 se produjo un segundo Atlas Nacional, por el Instituto de Geodesia y Cartografía (adscrito al Ministerio de las Fuerzas Armadas) y en 1989, gracias a la colaboración entre dicho instituto y el Instituto de Geografía con otras instituciones se editó un Nuevo Atlas Nacional de Cuba, con 627 mapas y muchos otros materiales.

En 1968 se inició (con una fuerte colaboración de instituciones del campo socialista y coordinado por el Instituto de Geología) un levantamiento geológico de Cuba, de gran importancia para la exploración geológico-minera, que logró producir —en 1975—un mapa geológico a escala de 1:250 000. Cuba fue prácticamente el primer país de América Latina en contar con un levantamiento geológico con tal grado de detalle (culminó del todo sólo en 1988).

Por la misma época se inició el estudio genético de los suelos de Cuba (coordinado por el Instituto de Suelos de la Academia y con el apoyo del Instituto de Suelos de la República Popular China), que produjo —en 1971— la primera clasificación genética de los suelos de Cuba, que se reflejó cuatro años más tarde en la edición de un mapa a escala de 1:250 000, de gran importancia para la explotación agrícola. En esta etapa final se contó con asesoramiento soviético y francés. Con la realización de estos trabajos, Cuba se colocó a la vanguardia de los países de América en lo que al estudio sistemático de los suelos se refiere.

En 1967 comenzó la labor de caracterizar, desde el punto de vista geológico, químico y biológico, los recursos de la plataforma insular cubana, labor que culminó, en lo fundamental, en 1981. Fue coordinada por el Instituto de Oceanología de la Academia, en colaboración —sobre todo— con instituciones soviéticas.

Por su parte, los institutos académicos dedicados a la zoología y la botánica (hoy unidos en una sola institución, el Instituto de Ecología y Sistemática) reunieron casi todas las colecciones importantes existentes en el país, crearon nuevas colecciones de animales y plantas, y editaron las publicaciones seriadas Poeyana y Acta Botánica Cubana, que alcanzaron prestigio internacional. También se publicaron varias monografías importantes sobre grupos de animales y plantas cubanos, entre ellas el Catálogo de los Mamíferos Vivientes y Extinguidos de las Antillas (1974), de Luis Sánchez Varona (1923-1989). Por su parte, la Universidad de La Habana creó una institución dedicada al estudio de la flora, el Jardín Botánico Nacional, que comenzó a funcionar en 1968 y tiene a su cargo la edición de una nueva flora de Cuba, en colaboración con otras instituciones.

En la realización de los proyectos mencionados anteriormente se formaron cientos de investigadores y técnicos cubanos. Debe señalarse, además,  que este grupo de instituciones y sus investigadores tuvieron una alta incidencia en la conservación de los recursos naturales del país.

Hubo, desde los años sesenta, varios proyectos específicos de conservación y rehabilitación de los recursos naturales, entre los cuales deben destacarse los de reforestación. Según datos oficiales, correspondientes al año 2001, 22,8 % de la superficie de Cuba se halla cubierta por bosques y se pretende llevar esta cifra hasta 27 %. En 1959 la cifra era de alrededor de 14 %. Para apoyar este programa de reforestación se creó a mediados de los años sesenta el Centro de Investigaciones y Capacitación Forestales, dentro del Ministerio de Agricultura.

Otro programa que se llevó a cabo de manera intensiva (sobre todo después del huracán Flora, de 1963) fue denominado de “voluntad hidráulica”. En el país  existían sólo 13 pequeños embalses y casi ninguna otra obra que ayudase a aminorar el impacto causado por la lluvia que traen consigo los huracanes y, a la vez, a conservar el agua para el consumo humano, la agricultura y la industria. En 2004 ya había 241 embalses, que almacenan alrededor de 9 millones de m3 de agua y pueden entregar más de 7 millones al año, unas 730 micropresas, y otras obras relacionadas.

Ya en los años ochenta comenzó a perfilarse una política integral para la conservación y aprovechamiento racional del medio ambiente en Cuba. En 1981 se promulgó una ley a estos fines, que fue sustituida en 1997 por otra con mayor concisión, basada también en la experiencia acumulada hasta entonces. En la promoción de esta política jugó un destacado papel la presidenta de la Academia de Ciencias, y posteriormente ministra de Ciencia, Tecnología y Medio Ambiente, Rosa Elena Simeón (1943 -2004). En la actualidad hay algo más de 16 000 km2 del territorio cubano (aproximadamente 15% del mismo) incluido en las categorías de más elevada protección: reservas de la biosfera, parques nacionales y reservas ecológicas.

También en los años sesenta se desarrollaron, por la Academia de Ciencias, dos importantes servicios nacionales relacionados con la protección del medio ambiente y de la vida y el quehacer de los hombres: el meteorológico y el sísmico. Aunque la observación meteorológica venía realizándose en Cuba desde fines del siglo XVIII, en el período necolonial no se había logrado organizar un sistema nacional de estaciones, y se dependía mucho de observadores voluntarios; más aún, las observaciones estaban repartidas entre 9 instituciones diferentes, dos de las cuales, el Observatorio Nacional y el del Colegio de Belén, frecuentemente se contradecían. Durante el período revolucionario se logró crear el Servicio Meteorológico Nacional, con un mínimo de erogación por el Estado, y centrado en el Instituto de Meteorología (antiguo Observatorio Nacional). Gracias al apoyo de la Organización Meteorológica Mundial y del Servicio Hidrometeorológico de la URSS (y del trabajo voluntario de los jóvenes meteorólogos cubanos, transformados en constructores) se instalaron treinta estaciones de primer orden y veinte de segundo orden. Posteriormente se instalaron radares meteorológicos. En la organización del sistema meteorológico nacional y de la docencia en esta especialidad tuvo un papel relevante el director del Instituto de Meteorología, Mario Rodríguez Ramírez (1911-1996), autor —además— de una teoría sobre el origen de los huracanes.

Otro importante servicio es el sísmico, creado dentro del Instituto de Geofísica (hoy Geofísica y Astronomía) de la Academia. Aunque la sismología no ha avanzado lo suficiente, internacionalmente, como para pronosticar los terremotos, sí permite alertar en cuanto a un mayor peligro en ciertas zonas y durante ciertos períodos más o menos prolongados. En Cuba hay varias regiones de cierta actividad sísmica.

En el campo de las investigaciones sociales y las humanidades también se creó una red de instituciones. En lo que a la filosofía se refiere, debe mencionarse el actual Instituto de Filosofía, que publicó en 1976 la obra Metodología del Conocimiento Científico, en colaboración con estudiosos soviéticos de esta temática, realizó seminarios metodológicos e investigó la historia del pensamiento filosófico en Cuba. En los años ochenta se destacaron las investigaciones en el campo de la lógica dialéctica y la axiología realizadas por Zaira Rodríguez (1940-1985). También se han desarrollado investigaciones filosóficas en otras instituciones, como la Facultad de Filosofía e Historia de la Universidad de La Habana, y en la Universidad Central (Santa Clara), entre otras.

En cuanto a la historia de Cuba, varias de las antiguas funciones de la Academia de la Historia se transfirieron en 1962 al Instituto de Historia (al cual se adscribió el Archivo Nacional, fundado en 1840), que fue dirigido por Julio Le Riverend (1912-1998), uno de los redactores de la Historia de la Nación Cubana (1952), quien realizó importantes estudios originales sobre la historia de las estructuras agrarias en Cuba. También se creó el Instituto de Historia del Movimiento Comunista y la Revolución Socialista de Cuba, dirigido por el conocido dirigente comunista Fabio Grobart. Este instituto publicó una  Historia del Movimiento Obrero Cubano (1985, 2 vols.). En 1987 los dos colectivos mencionados (sin incluir el Archivo Nacional) , y algunos más, se fundieron en un Instituto de Historia de Cuba, con la misión de elaborar una historia nacional actualizada, de la cual se han publicado tres de los cinco volúmenes previstos.   

Varios historiadores, activos desde años anteriores, realizaron una parte relevante de su labor durante este período. Entre ellos cabe mencionar a José Luciano Franco (1891-1988), biógrafo de varias figuras negras destacadas en la historia de Cuba, estudioso de rebeliones de esclavos y uno de los redactores de la Historia General de Africa, realizada por UNESCO. Fernando Portuondo (1903-1975) y Hortensia Pichardo (1904-2001), su esposa, estudiaron minuciosamente la vida de Carlos Manuel de Céspedes, el Padre de la Patria, y publicaron importantes libros de textos y colecciones de documentos. Raúl Cepero Bonilla (1920-1962), en su libro Azúcar y abolición (1959), propugnó una crítica objetiva de la historiografía apologética del “patriciado” criollo anterior a la Guerra de los Diez Años. Manuel Moreno Fraginals (1920--2001) siguió en algunos aspectos de su obra El Ingenio (1964, 1978) la línea crítica inaugurada por Cepero, y mostró la plantación esclavista azucarera como una empresa capitalista. El destacado historiador y demógrafo Juan Pérez de la Riva (1913-1976) realizó un conjunto de trabajos, entre ellos los incluidos en El barracón y otros ensayos (1975), que constituían un meticuloso examen correlacionado de aspectos biográficos, demográficos, geográficos y económicos. Sergio Aguirre Carreras (1914-1993) continuó su tarea de sistematizar la exposición histórica en términos de corrientes y períodos.  El notable político y economista Carlos Rafael Rodríguez (1913-1997) escribió varias obras de carácter histórico, entre ellas resalta el pormenorizado análisis socioeconómico de los años 1959-1963 en su monografía Cuba en el tránsito al socialismo (1978)

Bajo la orientación del comandante Ernesto “Che” Guevara, se organizó un conjunto de institutos de investigación y desarrollo tecnológicos, adscritos al  Ministerio de Industrias, que él encabezaba. El comandante Guevara había explicado, en 1962, que la estrategia de desarrollo industrial que seguiría el país se centraría en cuatro direcciones: metalurgia, construcción naval, electrónica y sucroquímica (nombre bajo el cual incluyó también los derivados de la caña de azúcar). Se refirió, además, a la necesidad de desarrollar la explotación minera (incluida la petrolera) y la industria mecánica. Para apoyar esta estrategia, Guevara fundó entre 1962 y 1963 el Instituto Cubano de Investigaciones de Minería y Metalurgia (ICIMM posteriormente denominado “Centro”: CIPIMM), el Instituto Cubano de Derivados de la Caña de Azúcar (ICIDCA), el Instituto Cubano de Desarrollo de la Industria Química (ICIDIQ, más tarde Centro de Investigaciones Químicas, CIQ), y el Instituto Cubano de Desarrollo de la Maquinaria (ICDM).

Otras importantes instituciones de investigación tecnológica formadas en estos años por otros organismos fueron el Laboratorio Central de Telecomunicaciones (LACETEL), relacionado con la instalación en Cuba de un centro de comunicaciones vía satélite;  dos grupos de investigación que se convirtieron, años más tarde, en el Instituto de Matemática, Cibernética y Computación (IMACC) y en el Instituto de Investigación Técnica Fundamental (ININTEF),  respectivamente, fundidos luego en el actual Instituto de Cibernética, Matemática, y Física (ICIMAF). El ININTEF introdujo en Cuba varias tecnologías de punta (patrones de tiempo y frecuencia, holografía, ultrasónica, teledetección por satélite) e inició el desarrollo teórico y práctico del uso de la energía solar en gran escala en Cuba, que en 1984 se trasladó al Centro de Investigaciones de la Energía Solar, creado en Santiago de Cuba.

La inauguración, en 1964, de la Ciudad Universitaria “José Antonio Echeverría” (CUJAE), construida para albergar las distintas escuelas tecnológicas de la  Universidad de La Habana, contribuyó notablemente a impulsar la enseñanza tecnológica superior y al desarrollo de investigaciones. En 1976, se convirtió en el Instituto Superior Politécnico del mismo nombre (ISPJAE), independiente de la Universidad de La Habana.  Como parte del ISPJAE se formaron laboratorios de investigaciones energéticas e hidráulicas, entre otros.

En 1969 se fundó el Instituto de Física Nuclear (más tarde, Instituto de Investigaciones Nucleares, ININ) de la Academia de Ciencias. Con ello se iniciaron en Cuba las investigaciones en este campo. Más adelante, el ININ fue reubicado, reorganizado, y pasó a llamarse Centro de Estudios Aplicados al Desarrollo de la Energía Nuclear (CEADEN), relacionado con el programa electronuclear, que se pensaba desarrollar. Aparte del instituto, se crearon áreas de I+D (investigación y desarrollo) y una facultad para la preparación de ingenieros nucleares. En 1994 estas entidades se incorporaron al Ministerio de Ciencia, Tecnología y Medio Ambiente.

Dos programas tecnológicos iniciados en estos años tuvieron una singular repercusión: el de mecanización cañera, en el Ministerio de Industrias, y el de fabricación de computadoras, iniciado en la Universidad de La Habana.

El programa de mecanización cañera se centraba en tres elementos: la utilización de cosechadoras (combinadas) para cortar la caña; de pequeñas grúas (alzadoras) para cargar la caña cortada en carretas y camiones; y de máquinas para limpiar adicionalmente la caña “alzada” (centros de acopio). El diseño y construcción de alzadoras y centros de acopio avanzó con mucha mayor velocidad que el de la creación de combinadas, que tropezó con numerosas dificultades técnicas, hasta que en 1970, aproximadamente, el grupo dirigido por el ingeniero cubano Roberto Henderson logró diseñar y construir una máquina muy efectiva para el corte de caña verde, la cual recibió el nombre de “Libertadora”. Posteriormente se diseñó una combinada cubano-soviética (los diferentes modelos denominados KTP) y se instaló una gran fábrica de estos equipos en la ciudad de Holguín. La cosecha cañera llegó en un determinado momento a estar mecanizada en alrededor de 70%.

El otro programa fue el de fabricación de computadoras electrónicas. En abril de 1970, un grupo de trabajo, bajo la dirección del ingeniero Orlando Ramos, construyó la primera minicomputadora cubana. Las computadoras fabricadas en Cuba recibieron la denominación de CID (por el Centro de Investigaciones Digitales, de la Universidad de La Habana, donde se diseñaron) y se produjeron —en sus diferentes modelos— en pequeñas series. El primer modelo fue el CID 201. Se llegó a producir 500 máquinas de los modelos CID 201B y CID 300/10, que se utilizaron en numerosas instituciones del país. Con este y otros pasos se inició el desarrollo de la industria electrónica, la cual fue derivando de manera gradual hacia la fabricación de aparatos novedosos de diagnóstico médico y de metrología, varios de los cuales han sido patentados internacionalmente.

También se creó por el Ministerio de Agricultura, la Academia de Ciencias y la Universidad de La Habana, un conjunto de nuevos institutos de investigación agrícola y pecuaria, como los institutos de la caña de azúcar (INICA), de citricos, de sanidad vegetal, de ciencias agropecuarias (ICA), entre otros; mientras que el Ministerio de Salud Pública fundó, en 1966, ocho institutos de ciencias médicas (asociados a los hospitales especializados). Fueron estos: Endocrinología; Cardiología y Cirugía Cardiovascular; Neurología y Neurocirugía; Oncología y Radiobiología; Gastroenterología; Angiología; Hematología (en la actualidad, Hematología e Inmunología); y Nefrología (organizado en 1963). Estas entidades contribuyeron, de manera muy notable, a la elevación de los conocimientos del personal médico, a la introducción de nuevas técnicas y  procedimientos, así como al perfeccionamiento del sistema asistencial.
 
Como resultado del desarrollo de la atención médica a la población, en este período se logró la erradicación total, entre otras, de las enfermedades siguientes: poliomielitis (1962), tétanos neonatal (1972), difteria (1979), sarampión (1993), rubéola (1995) y parotiditis (1995). La atención prenatal (que incluye la consultoría para enfermedades genéticas) y la perinatal contribuyeron a que la tasa de mortalidad infantil (en el primer año de vida) haya llegado a ser, en el año 2004, de 5,8 por cada 1000 nacidos vivos, la proporción más baja en el continente americano (con la excepción de Canadá).

Con la finalidad de crear las condiciones para el desarrollo de investigaciones en diferentes áreas de la biología y la química, se dieron los pasos iniciales para la organización de un nuevo centro de investigación. Este propósito fue anunciado por Fidel Castro en un discurso el 13 de marzo de 1964. La institución fundada de acuerdo con esta iniciativa fue el Centro Nacional de Investigaciones Científicas (CNIC), creado como entidad autónoma nacional por decreto presidencial del 1ro. de julio de 1965.

El CNIC se nutrió originalmente de un pequeño grupo de médicos con pocos años de graduados, que respondieron a la convocatoria para dedicarse a la investigación biomédica. También se nutrió el CNIC de químicos e ingenieros de diferentes especialidades. La finalidad principal del centro en sus primeros años era elevar la preparación en “ciencias básicas” (Matemática, Física, Química, Biología) de esos jóvenes graduados de medicina, e iniciarlos en las tareas investigativas. Al efecto se organizó una serie de cursos y prácticas, impartidos por profesores cubanos y de otros países. Después de recibir estos cursos, varios investigadores jóvenes obtuvieron becas de posgrado para estudios en países de Europa occidental y oriental.

En pocos años, y gracias —en parte— a una fuerte inversión en equipamiento, el CNIC se transformó en el “centro de excelencia” nacional para investigaciones químicas y biológicas experimentales. En el área biológica, especial importancia adquirieron los laboratorios de genética de microorganismos y de neurofisiología, de donde emergieron importantes colectivos y centros de investigación, ya en los años ochenta. Igualmente, de la división de salud animal (directora: Rosa E. Simeón), que desempeñó un papel destacado durante las epidemias de fiebre porcina africana de 1971 (bien documentada, incluso por sus propios autores, como un caso de guerra biológica contra Cuba) y 1980, emergió más tarde un centro independiente de gran envergadura, el Centro Nacional de Salud Animal.

La colaboración entre los laboratorios de bioquímica y de genética de microorganismos del CNIC dio lugar a la formación de la primera generación de genetistas moleculares cubanos. En lo que a la química se refiere, el CNIC desarrolló los procedimientos para la obtención de policosanol (conocido como PPG), un medicamento contra el colesterol, a partir de la cera de la caña, cuya producción se convirtió en una pequeña rama industrial del país. Además, desarrolló algunos trabajos de síntesis, aunque centró su labor en el análisis químico. Para ello introdujo en Cuba las técnicas de espectrometría de masa, de resonancia magnética nuclear, de absorción atómica, de ultracentrifugación, análisis automático y muchas más.

En relación con lo anterior, el CNIC creó talleres de reparación y fabricación, y comenzó a desarrollar la construcción de instrumentos de laboratorio. Algunos de estos instrumentos constituyeron verdaderas novedades y contribuyeron a disminuir notablemente el tiempo requerido para determinados análisis. También se pasó a producir algunos equipos de uso industrial y médico.  Esta dirección de trabajo del CENIC fue el punto de partida de la creación, ya en los años ochenta, de una institución especializada en el diseño y la producción de equipos de diagnóstico clínico, el Centro de Inmunoensayo.

Del 18 al 26 de septiembre de 1980 tuvo lugar el vuelo espacial conjunto Cuba-URSS, en el cual participó el primer cosmonauta cubano y latinoamericano Arnaldo Tamayo. Este vuelo fue precedido por la preparación, en algunos casos durante años, de una serie de experimentos, que se llevaron a cabo durante el mismo, propuestos por científicos cubanos. Buena parte de los equipos para los estudios médico-fisiológicos y químico-físicos fueron incluso fabricados en Cuba. Algunos de los experimentos diseñados por  investigadores cubanos fueron absolutas primicias internacionales, como la transmisión de imágenes holográficas del crecimiento de un cristal, desde el cosmos a la Tierra, realizada en un vuelo posterior (marzo de 1981).

En el propio año 1980, comenzaron a darse algunos pasos hacia la creación de importantes instituciones de investigación biomédica, auspiciadas directamente por el presidente Fidel Castro, e incluidas dentro de un consejo de coordinación denominado Frente Biológico (1981), una de cuyas primeras tareas tuvo que ver con la obtención de interferón (un grupo de proteínas que tienen propiedades antivirales). El interferón obtenido de leucocitos comenzó a producirse ya en 1981. En 1982 se creó el Centro de Investigaciones Biológicas, donde continuó este trabajo, y se inició el de obtención de interferón por ingeniería genética, a partir de la considerable experiencia acumulada por el Departamento de Genética de Microorganismos del CNIC. El 1º de julio de 1986 se inauguró el Centro de Ingeniería Genética y Biotecnología (CIGB), donde continuaron estos y muchos otros trabajos de investigación, con importantes resultados, como –a manera de ejemplo- una vacuna recombinante contra la hepatitis B, el factor de crecimiento epidérmico (EGF), obtenido también por vía recombinante, como la estreptoquinasa (obtenida así por primera vez en el mundo), y otros muchos compuestos. El CIGB significó la mayor inversión en investigación científica realizada nunca en Cuba, y combina tanto este aspecto, como el desarrollo experimental (hasta planta piloto), la producción misma de los fármacos e, incluso, su comercialización. Fue la primera institución científica en Cuba que combinó todas estas funciones.

En la misma región donde se halla el CIGB se fue formando, desde 1991, el Polo Científico del Oeste de La Habana, que incluye, entre otras instituciones, un nuevo Instituto Finlay, el Centro de Inmunología Molecular y el nuevo Instituto de Medicina Tropical. El Instituto Finlay se dedica, sobre todo, a la obtención y producción de vacunas, destacándose la obtenida contra la meningitis meningocócica B-C, que se ha aplicado con éxito en Cuba y en muchos otros países. El Centro de Inmunología Molecular, después de muchos años de investigaciones (su colectivo se formó originalmente en 1970, en el Instituto de Oncología y Radiobiología) ha logrado un conjunto de anticuerpos monoclonales muy eficientes en la lucha contra diferentes tipos de tumores malignos (algunos de sus productos se distribuyen incluso en los Estados Unidos, a pesar del bloqueo económico-comercial de ese país contra Cuba). El Instituto de Medicina Tropical “Pedro Kourí”, heredero del creado originalmente en 1937, se refundó en 1979 con los objetivos de proteger a la población cubana de las llamadas enfermedades tropicales, colaborar con los países del Tercer Mundo en la lucha contra esas enfermedades, y contribuir al desarrollo de las ciencias médicas en general, y en particular de la Microbiología, Parasitología, Epidemiología y Medicina Tropical.

Un resultado relevante de la investigación biomédica, que combinó los esfuerzos de varias instituciones de investigación biomédica de la ciudad de La Habana y de otras provincias del país fue el diseño y elaboración (utilizando procedimientos químicos novedosos y extraordinariamente complejos), culminada en 2004, de una vacuna sintética de polisacáridos conjugados contra Haemophilus influenzae Tipo b, organismo causante de la muerte de unos 600 mil niños cada año en países del Tercer Mundo. Este resultado, publicado ese año en un número de la revista Science ha sido reconocido como una verdadera revolución en la producción de vacunas en el mundo.

Se ha promovido también la creación de instituciones científicas de investigación fuera de la ciudad de La Habana y sus inmediaciones. Existen varias instituciones de investigación agrícola y pecuaria en diferentes provincias, y –más recientemente-  polos científicos provinciales, que reúnen institutos de I+D, centros de enseñanza superior y empresas de producción y servicios en todas las provincias del país. En diferentes provincias (Villa Clara, Sancti Spíritus y Ciego de Ávila) se han creado centros biotecnológicos vinculados con los grandes centros de la capital, pero que responden también a intereses territoriales.

Aparte de los institutos de investigación, de investigación-desarrollo o de investigación-desarrollo-producción, se ha promovido la participación masiva de especialistas y trabajadores en el movimiento de innovación. Los foros de ciencia y técnica, que se realizan en los niveles de unidades, municipios, provincias, para culminar en un Foro Nacional, incorporan tanto a los miembros de la Asociación Nacional de Innovadores y Racionalizadotes (ANIR), como a los de las Brigadas Técnicas Juveniles (BTJ) y a los especialistas e investigadores de las entidades de ciencia y tecnología. Lo propio puede decirse de los miembros de las sociedades científicas que, sin pertenecer a ninguna de las categorías anteriores, participan de manera activa o muestran interés en los avances científicos y tecnológicos en el país y el resto del mundo. Los estudiantes de nivel universitario no incorporados a los conjuntos antes mencionados constituyen otro componente importante. Todas estas personas —y son cientos de miles—pueden y deben considerarse dentro de una comunidad mayor que la “comunidad científica” propiamente dicha. Esta comunidad mayor resulta un factor de enorme importancia en la difusión y aplicación de la ciencia y la tecnología dentro de la población del país, así como en la generación de nuevos conocimientos y nuevas soluciones.